Miejska sieć kanalizacyjna ogólnospławna została wybudowana w okresie międzywojennym na łączna długość 37,4 km i nie była rozbudowywana do połowy lat pięćdziesiątych. Znaczący przyrost sieci kanalizacyjnej wynikał ze wzrostu liczby mieszkańców, a co za tym idzie z rozwoju budownictwa mieszkaniowego w latach 1960-1980. Przybyło wówczas około 50 tys. Mieszkańców, a długość sieci kanalizacyjnej zwiększyła się o ponad 120 km. Wybudowano kanalizację ogólnospławną dla osiedli mieszkaniowych: Morelowe, Piastowskie, Wazów, Ptasia oraz na strefę przemysłową. Z powodu wysokich kosztów nie skanalizowano potoku Łącza na odcinku od ul. Węglowej do starej oczyszczalni ścieków przy ul. Foluszowej ( z 1934 r.). Z tych samych względów zaniechano remontów i rozbudowę powyższej oczyszczalni ścieków. W latach osiemdziesiątych wybudowano główny kolektor kanalizacyjny Ø 2500. W roku 1985 powołano Spółkę „Łącza”, której zadaniem było wybudowanie nowej oczyszczalni ścieków wraz z kolektorem dosyłowym z Miasta Zielona Góra. Nowa oczyszczalnia ścieków w Łężycy oddana została do eksploatacji w roku 1998.
W latach 1995-2000 realizowano program budowy kolektorów odciążających stare, przebiegające przez śródmieście (kanały ogólnospławne), pochodzące z lat trzydziestych XX w. W tym okresie wybudowano 4 kolektory ogólnospławne:
- ul. Reja, 790 mb, Ø600
- al. Konstytucji 3 Maja, 1200 mb, Ø1000
- ul. Kupiecka, 600 mb, Ø1000
- ul. Zjednoczenia, 500 mb, Ø1200
W latach 2007-2020 przy udziale środków unijnych zostały skanalizowane następujące sołectwa:
- Przylep,
- Nowy Kisielin,
- Stary Kisielin,
- Racula,
- Drzonków,
- Krępa,
- Zawada,
- Łężyca,
- Zatonie,
- Ochla.
Sukcesywne przeprowadzana jest renowacja istniejącej kanalizacji na terenie miasta.
Zielona Góra posiada mieszany system kanalizacji, który tworzą kanały ogólnospławne oraz system rozdzielczy składający się z kanalizacji deszczowej. Ponadto transport ścieków odbywa się poprzez sieć ciśnieniową realizowaną przez system 87 przepompowni. Istniejący system kanalizacji ma długość ponad 430 km. Struktura wieku sieci kanalizacyjnej kształtuje się następująco:
- do 10 lat – 27,15 %,
- od 10 do 30 lat – 42,15 %,
- od 30 do 50 lat – 18,20 %,
- od 50 do 75 lat – 6,45 %,
- powyżej 75 lat – 6,05 %,
W roku 2021 Usunięto 7szt. awarii sieci kanalizacyjnej oraz 8 szt. awarii sieci kanalizacji deszczowej (nie licząc drobnych prac naprawczych).